Otra de las tareas importantes que hacemos en el centro es la de marcaje. Las aves se anillan, y a los mamíferos y a los reptiles se les pone chip .

El anillamiento consiste en ponerles a las aves que soltamos una anilla metálica en la pata. La anilla que viene con una letra, que indica su tamaño, y unos números que servirá de identificación. En la anilla también viene el nombre de la oficina de anillamiento, que es donde se centralizan los datos. En nuestro caso; Aranzadi, San Sebastian. A algunas especies se les colocan también anillas de colores para que sean fácilmente visibles a distancia, y en el caso de los buitres, marcas alares.

A los mamíferos y reptiles se les coloca chip. El chip, como en los animales domésticos, va subcutaneo, y se instala en la zona del cuello.

El marcaje, tanto de aves, como de mamíferos o reptiles, es importante para hacer el seguimiento, y saber si son viables en la naturaleza.